Escherichia coli diarrhéagène

L’entérose classe les génomes E. coli pour les pathotypes en utilisant cette logique. Les pathotypes inclus dans le tableau de bord E. coli (diarrheagenic) sont:

• Production de toxines de Shiga E. coli (STEC)

• Entréohémorragie E. coli (EHEC)

• Entréotoxigène E. coli (ETEC)

• E. coli (EPEC) entérogène

• Entréoinvasive E. coli (EIEC)

Dernière mise à jour : 5 août 2025.

Avertissement

Le E. les données coli utilisées dans AMRnet ne sont pas encore conservées à des fins d’échantillonnage, et donc reflètent les préjugés des efforts de séquençage global qui peuvent être orientés vers le séquençage des souches et/ou des épidémies. Les efforts de conservation des données sont cependant en cours jusqu’à ce moment-là, soyez prudent lorsque vous interprétez les données dans le tableau de bord.

Définitions de variables

• Lineages : Les lignes sont étiquetées par l’agent pathovar suivi de la ST. (7-locus).

• AMR determinants: Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.