AMRnet

Le tableau de bord AMRnet vise à rendre accessibles à un large public les données de surveillance AMR de haute qualité, robustes et fiables. Les visualisations ont pour but de montrer des estimations et des tendances de la prévalence AMR annuelles nationales, qui peuvent être décomposées et explorées en termes de lignes/génotypes sous-jacents et de mécanismes de résistance. Nous ne générons pas de données de séquence, mais nous espérons qu’en rendant les données déposées publiquement plus accessibles et utiles, nous pouvons encourager et motiver davantage le séquençage et le partage de données.

Nous avons commencé avec Salmonella Typhi, basé sur notre tableau de bord TyphiNET qui utilise des données supervisées par le Global Typhoid Genomics Consortium (pour améliorer la qualité des données et identifier quels jeux de données sont adaptés à l’inclusion) et analysées dans Pathogenwatch (pour appeler les déterminants AMR et les lignées des données de séquence). Les tableaux de bord sont maintenant disponibles pour Klebsiella pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, Salmonelle non typhoïde, E. coli et Shigella en utilisant les données provenant des plateformes Pathogenwatch et Enterobase. À l’avenir, nous prévoyons d’ajouter des organismes supplémentaires, provenant de ces plates-formes et d’autres plates-formes.

Un obstacle majeur à l’utilisation des données publiques à des fins de surveillance est la nécessité d’une conservation prudente des données, pour identifier quels jeux de données sont pertinents pour être inclus dans les estimations regroupées de AMR et la prévalence du génotype. Ce type de conservation peut bénéficier à un large éventail d’utilisateurs et nous avons l’intention de travailler avec d’autres communautés d’organismes pour organiser des données, et contribuer à des efforts plus larges autour des normes de métadonnées. Veuillez nous contacter si vous souhaitez travailler avec nous (amrnetdashboard@gmail.com).

Liens clés:

  • Le tableau de bord est accessible sur https://www.amrnet.org.

  • Informations sur l’équipe du projet (basée à la London School of Hygiene and Tropical Medicine), et notre groupe consultatif en matière de politique est ici.

Citation, code et licence

AMRnet est un logiciel libre et open source, distribué sous les termes de la GPLv3 License.

  • Le code du tableau de bord est ouvert et disponible dans GitHub.

  • Les tickets et les demandes de fonctionnalités peuvent être publiés ici.

  • L’accès à l’API est décrit sur la page Accès aux données.

  • Si vous voulez installer le code AMRnet pour développer votre propre tableau de bord, consultez le Guide d’installation.

If you use the AMRnet website or code, please cite AMRnet Cerdeira LT, Dyson ZA, Sharma V, et al. AMRnet: a data visualization platform to interactively explore pathogen variants and antimicrobial resistance. Nucleic Acids Res. Published online November 6, 2025.doi:[10.1093/nar/gkaf1101]. Depending on what data and visualizations you are using in AMRnet, you should also consider citing the upstream source databases and typing tools (noted in the pathogen-specific pages and here), or individual source studies (via PubMed IDs or DOIs available in the TSV download at the bottom of each dashboard).

Clause de non-responsabilité

AMRnet est un projet de recherche open source, fournissant un accès aux données et aux visualisations provenant de bases de données et de plateformes d’analyse accessibles au public. Le contenu de notre service est fourni à titre indicatif seulement. Il ne s’agit pas d’un conseil sur lequel vous devriez compter. Vous devez obtenir des conseils professionnels ou spécialisés avant de prendre, ou de vous abstenir, toute action sur la base du contenu de notre service. Bien que nous fassions des efforts raisonnables pour mettre à jour les informations sur notre service, nous ne faisons aucune représentation, garantit ou garantit, expresse ou implicite, que le contenu de notre service est exact, complet ou à jour. Nous ne sommes pas responsables des résultats de la dépendance à l’égard de telles informations.

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