Escherichia coli

Les données Escherichia coli dans AMRnet sont tirées à partir de Enterobase, qui appelle les génotypes AMR en utilisant AMRFinderPlus de NCBI et assigne des lignes en utilisant MLST, cgMLST et cluster hiérarchique. Dernière mise à jour : 5 août 2025.

Avertissement

Le E. les données coli utilisées dans AMRnet ne sont pas encore conservées à des fins d’échantillonnage, et donc reflètent les préjugés des efforts de séquençage global qui peuvent être orientés vers le séquençage des souches et/ou des épidémies. Les efforts de conservation des données sont cependant en cours jusqu’à ce moment-là, soyez prudent lorsque vous interprétez les données dans le tableau de bord.

Définitions de variables

• Linéages : Les linéaires sont étiquetés par le type de séquence de 7 locus (ST).

• AMR determinants: Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes. see the table