Détails de l’agent pathogène individuel¶
Chaque tableau de bord est peuplé un peu différemment, à partir de sources différentes et avec différents critères d’inclusion, en utilisant le génotypage AMR et les définitions de lignée propres à l’agent pathogène.
Sélectionnez un agent pathogène ci-dessous pour voir les détails :
Escherichia coli
Escherichia coli (diarrhée)
Shigella + EIEC
Klebsiella pneumoniae
Neisseria gonorrhoeae
Salmonella (non-typhoidal)
Salmonella (invasive non typhoïde)
Salmonella Typhi
Une liste de toutes les bases de données et outils amont avec des liens et des citations, est disponible sur la page Données de source et outils.
Définitions AMR basées sur les données Enterobase/AMRfinderplus¶
Ces définitions sont utilisées dans le E. coli, Shigella, et les tableaux de bord non-typhoïdes Salmonella, où les données sont remplies à partir de Enterobase qui utilise AMRfinderplus pour identifier les déterminants AMR des assemblages génomiques. Pour les autres organismes, peuplés par le Pathogenwatch, consultez les pages spécifiques à l’agent pathogène ci-dessus pour plus de détails sur la façon dont l’AMR est détecté/défini.
Variable de l’indicateur de résistance |
Définition |
Entréobase colonne/s |
Dessiné à partir de la classe AMRFinderPlus / sous-classe |
|---|---|---|---|
Ampicillin |
<unk> 1 marqueur de n’importe quelle colonne |
Pénicilline, Carbapenemase, ESBL |
Subclass: BETA-LACTAM |
Aminoglycosides |
Marqueur <unk> 1 |
Aminoglycoside |
Classe : AMINOGLYCOSIDE |
Carbapèmes |
Marqueur <unk> 1 |
Ennemi du Carbapme |
Sous-classe : CARBAPENEM |
Ciprofloxacin (non-susceptible) |
Marqueur <unk> 1 |
Famille Quinolone |
Classe : QUINOLONE |
Chloramphénicol |
Marqueur <unk> 1 |
Phénol |
Classe : PHENICOL |
Colistine |
Marqueur <unk> 1 |
Colistine |
Classe : COLISTIN |
ESBL |
<unk> 1 marqueur de n’importe quelle colonne |
ESBL, Carbapenemase |
Subclass: CEPHALOSPORIN |
Fosfomycin |
Marqueur <unk> 1 |
Fosfomycin |
Class: FOSFOMYCIN |
Macrolide |
mph(A) ou acrB_R717 |
Macrolide |
Classe : MACROLIDE |
Tétracycline |
Marqueur <unk> 1 |
Tétracycline |
Classe : TETRACYCLINE |
Tigecycline |
Marqueur <unk> 1 |
Autres classes : Tigecycline |
Sous-classe : TIGECYCLINE |
Triméthoprim |
Marqueur <unk> 1 |
Triméthoprim |
Classe : TRIMETHOPRIM |
Triméthoprime-Sulfamethoxazole |
<unk> 1 marqueur de chaque colonne |
Triméthoprim, Sulfonamide |
Class: TRIMETHOPRIM, SULFONAMIDE |
Pansensible |
0 marqueurs |
toutes les colonnes AMR |
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