Salmonella (invasive non typhoïde)¶
Les données Salmonella (invasives non-typhoïdes) dans AMRnet sont tirées de Enterobase, qui appelle les génotypes AMR en utilisant le AMRFinderPlus, assigne les lignes en utilisant MLST, cgMLST et grappe hiérarchique, et assigne les sérotypes en utilisant SISTR. Le tableau de bord iNTS inclut actuellement tous les génomes identifiés comme sérotype Typhimurium ou Enteritidis (qui représentent >90 % des iNTS), et identifie les lignées en utilisant MLST. Dernière mise à jour : 5 août 2025.
Le tableau de bord invasif Salmonella (iNTS) non typhoïde est peuplé de données provenant de lignées spécifiques de Salmonella enterica associées à des maladies invasives dans les pays à faible revenu ; à savoir le sérotype Typhimurium (ST19, ST313 et ses sous-ensembles tels que définis par Van Puyvelde et al) et Enteritidis (Central/Eastern and West African clades tel que défini par Fong et al). Ensemble, ils représentent >90 % de iNTS.
Avertissement
Les données iNTS utilisées dans AMRnet ne sont pas encore conservées à des fins d’échantillonnage, et donc reflètent les préjugés des efforts de séquençage global qui peuvent être orientés vers le séquençage des souches et/ou des épidémies. Les efforts de conservation des données sont cependant en cours jusqu’à ce moment-là, soyez prudent lorsque vous interprétez les données dans le tableau de bord.
Définitions de variables¶
Linéages : Les lignes sont étiquetées par iTYM (Typhimurium invasif) ou iENT (Enteritides invasifes) suivi du nom de la lignée, défini à partir de cgMLST comme suit:
iTYM ST19-L1: HC150=305
iTYM ST19-L3: HC150=1547
iTYM ST19-L4: HC150=48
iTYM ST313-L1: HC150=9882
iTYM ST313-L2 : HC150=728 et HC50=728
iENT CEAC: HC150=12675
iENT WAC: HC150=2452
AMR determinants: Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.