Aperçu du tableau de bord¶
En-tête¶
Utilisez le menu pour sélectionner une espèce ou un groupe d’agents pathogènes à afficher. Chaque agent pathogène a sa propre configuration de tableau de bord qui est personnalisée pour montrer les génotypes, les résistances et d’autres paramètres pertinents. Les chiffres indiquent le nombre total de génomes et de génotypes actuellement disponibles dans le tableau de bord sélectionné.
Carte¶
Utilisez le panneau Plotting options à droite pour sélectionner une variable pour afficher les données de résumé par pays sur la carte du monde. Les données de prévalence sont regroupées des estimations pondérées de proportion pour la résistance sélectionnée ou le génotype. Un pays doit avoir des échantillons N<unk> 20 (en utilisant les filtres actuels) pour que les données sommaires soient affichées autrement, il sera coloré en gris pour indiquer que les données disponibles sont insuffisantes.
Utilisez le panneau Filtre global à gauche pour recalculer les données sommaires pour une période spécifique et/ou un sous-groupe (options disponibles varient par pathogène). Les filtres définis dans le panneau Filtre global s’appliquent non seulement à la carte, mais à tous les plots de la page.
En cliquant sur un pays de la carte fonctionne aussi comme un filtre, afin que les résumés plots dans les panneaux ci-dessous reflètent les données pour le pays sélectionné seulement. Les valeurs par pays affichées dans la carte peuvent être téléchargées en cliquant sur le bouton flèche vers le bas en haut à droite du panneau.
Téléchargements spécifiques au point : Les statistiques sommaires actuellement affichées dans le tracé (par ex. la prévalence de résistance par pays; avec le numérateur, le dénominateur et le pourcentage) peut être téléchargé au format tabulaire (TSV) en cliquant sur la flèche vers le bas (en haut à droite du panneau). Une image statique (format PNG) de la vue actuelle de la carte peut être téléchargée en cliquant sur l’icône de la caméra.
Points sommaires¶
Ce panneau propose une série de résumés de diagrammes. La vue par défaut est « tendances AMR ». Cliquez sur un titre de tracé dans le sélecteur de rotation en haut du panneau, pour choisir un autre emplacement. Les parcelles spécifiques disponibles varient par pathogène, de même que les définitions des variables AMR et génotype (voir les détails individuels pathogène). Les résumés des parcelles sont destinées à montrer les résumés de niveau régional ou national, mais si aucun pays n’est sélectionné, ils peupleront avec des estimations de proportion groupées à travers toutes les données passant les filtres actuels.
Toutes les parcelles sont interactives. Utilisez le panneau Plottings à droite pour modifier la région/pays à afficher, ou pour sélectionner d’autres options disponibles pour le tracé courant, telles que les variables à afficher, et si vous voulez afficher nombre ou pourcentages.
Le tracé de ligne et de barre ont une légende dynamique à droite ; cliquez sur une valeur de l’axe x pour afficher le nombre et les pourcentages des variables secondaires calculées parmi les génomes correspondant à cette valeur de l’axe X. Par exemple, tous les agents pathogènes ont une parcelle « AMR par génotype» ; cliquez sur un génotype pour afficher le nombre et les pourcentages de résistance estimés pour chaque médicament ou classe.
Téléchargements spécifiques au plot: Les valeurs résumées affichées dans le graphique actuel peuvent être téléchargées en cliquant sur le bouton de la flèche vers le bas (en haut à droite du panneau). Une image statique (format PNG) de la vue de tracé actuelle peut être téléchargée en cliquant sur l’icône de la caméra.
Comparaisons géographiques¶
Ce panneau utilise des cartes thermiques pour étudier comment la prévalence de la RMA ou des génotypes varie d’un pays à l’autre. La vue par défaut est la prévalence AMR par pays.
Utilisez le panneau Plotting options à droite pour stratifier les lignes par région plutôt que par pays, pour afficher la prévalence du génotype au lieu de AMR (en colonnes). Pour certains organismes, il y a aussi la possibilité de tracer des colonnes comme marqueurs de résistance (pour un médicament sélectionné).
Les options de loting peuvent également être modifiées pour restreindre la vue aux pays ou régions sélectionnés (en lignes), ou à des sous-ensembles spécifiques de génotypes ou de médicaments (en colonnes). Les pays ne sont pas tracés (et ne peuvent pas être sélectionnés) si le nombre d’échantillons qui passent le filtre global actuel est inférieur à 20. Par défaut, les 20 génotypes ou médicaments les plus courants (en passant par les filtres actuels) seront inclus dans la parcelle ; dans la liste déroulante pour modifier l’ensemble spécifique de médicaments ou de génotypes affichés, les options disponibles seront ordonnées selon leur fréquence dans la sélection courante.
Téléchargements spécifiques au plot: Les valeurs résumées affichées dans la carte de chaleur actuelle peuvent être téléchargées en cliquant sur le bouton de la flèche vers le bas (en haut à droite du panneau). Une image statique (format PNG) de la vue de tracé actuelle peut être téléchargée en cliquant sur l’icône de la caméra.
Téléchargements¶
En bas se trouvent les boutons pour télécharger (1) les informations individuelles de niveau génomique qui sont utilisées pour remplir le tableau de bord (‘Télécharger la base de données au format TSV)’); et (2) un rapport statique des plots actuellement affichés, avec une description de base des sources de données et des définitions de variables (‘Télécharger PDF’).
