Données et outils source¶

Bases de données sources¶

Entréobase¶

Montre pathogène¶

Salmonella Typhi: Une ressource globale pour les prédictions génomiques de la résistance antimicrobienne et la surveillance de la Salmonella Typhi au montre pathogène, Argimón et al 2021
Neisseria gonorrhoeae : Une ressource communautaire pour l’épidémiologie génomique et la prédiction de la résistance antimicrobienne de Neisseria gonorrhoeae à Pathogenwatch, Sánchez-Busó et al 2021
Klebsiella pneumoniae: Caractérisation génomique rapide et surveillance globale de Klebsiella à l’aide de Pathogenwatch, Argiómon 2021
https://pathogen.watch/

Outils de saisie¶

AMRFinderPlus¶

Utilisé pour taper AMR dans les tableaux de bord E. coli/Shigella et non-typhoïdes Salmonella

AMRFinderPlus : https://github.com/ncbi/amr
Le papier AMRFinderPlus : AMRFinderPlus et le catalogue de gènes de référence facilitent l’examen des liens génomiques entre la résistance antimicrobienne, la réponse au stress, et la virulence, Feldgarden 2021
Intégration de AMRFinderPlus dans Enterobase: EnteroBase en 2025: exploration de l’épidémiologie génomique des agents pathogènes bactériens, Dyer et al 2025

Escherichia coli et Shigella¶

Nomenclature du génotype¶

Schéma MLST Achtman 7-locus : Développé par Enterobase
Schéma MLST du génome de base : Le guide de l’utilisateur EnteroBase, avec des études de cas sur les transmissions de Salmonella, Yersinia pestis phylogeny, et Escherichia cœur de la diversité génomique, Zhou et al 2020
Amas hiérarchique : HierCC: un système de grappe à plusieurs niveaux pour les affectations de population basé sur le génome central MLST, Zhou et al 2020
Base de données MLST: https://enterobase.warwick.ac.uk/species/index/ecoli/

Définition du Pathotype¶

Les pathotypes diarrhéagènes E. coli (DEC) sont définis en utilisant la logique de pathotypage Entréobase
Identification des espèces Shigella : Clustering Hiérarchique (HC)

Salmonella (non-typhoidal)¶

Nomenclature du génotype¶

7-locus MLST scheme: Enterobase
Schéma MLST du génome de base : Le guide de l’utilisateur EnteroBase, avec des études de cas sur les transmissions de Salmonella, Yersinia pestis phylogeny, et Escherichia cœur de la diversité génomique, Zhou et al 2020
Amas hiérarchique : HierCC: un système de grappe à plusieurs niveaux pour les affectations de population basé sur le génome central MLST, Zhou et al 2020

Sérotypage¶

Serotypes: The Salmonella In Silico Typing Resource (SISTR): Un outil ouvert accessible sur le Web pour taper et sous-typer rapidement les assemblées de Génome Salmonella, Yoshida et al 2016

Salmonella Typhi¶

Neisseria gonorrhoeae¶

Schéma 7-locus MLST : Statut des espèces de Neisseria gonorrhoeae: Inférences évolutives et épidémiologiques du type de séquence multilocus, Bennett et al 2007
2-locus N. gonorrhoeae schéma de typage de séquence multi-antigène (NG-MAST) Identification Rapide Sequence-Based Identification of Gonococcal Transmission Clusters in a Large Metropolitan Area, Martin et al 2004
Base de données MLST et NG-MAST : PubMLST
Prédiction AMR : Une ressource communautaire pour l’épidémiologie génomique et la prédiction de la résistance antimicrobienne de Neisseria gonorrhoeae à Pathogenwatch, Sánchez-Busó et al 2021

Klebsiella pneumoniae¶

Nomenclature du génotype¶

7-locus MLST scheme: Multilocus Sequence Typing of Klebsiella pneumoniae Nosocomial Isolates, Diancourt 2005
Schéma MLST du génome central : Définition génomique de Klebsiella pneumoniae Clonal Groups, Bialek-Davenet et al 2014
Sublineages: A Dual Barcoding Approach to Bacterial Strain Nomenclature : Taxonomy Genomic of Klebsiella pneumoniae Strains, Hennart et al 2022
Base de données MLST: BIGSdb Institut Pasteur

Saisie AMR¶

Kleborate v3: https://github.com/klebgenomics/Kleborate
Papier Kleborate : Un cadre de surveillance génomique et un outil de génotypage pour Klebsiella pneumoniae et son complexe d’espèces liées, Lam et al 2021