Shigella + EIEC

Shigella et entéroinvasive E. les données coli (EIEC) dans AMRnet sont tirées de Enterobase, qui appelle les génotypes AMR en utilisant AMRFinderPlus de NCBI et assigne des lignes en utilisant cgMLST et cluster hiérarchique. Dernière mise à jour : 5 août 2025.

Avertissement

Les données Shigella + EIEC utilisées dans AMRnet ne sont pas encore conservées à des fins d’échantillonnage, et donc reflètent les préjugés des efforts de séquençage global qui peuvent être orientés vers le séquençage des souches et/ou des épidémies. Les efforts de conservation des données sont cependant en cours jusqu’à ce moment-là, soyez prudent lorsque vous interprétez les données dans le tableau de bord.

Définitions de variables

• Lineages : La logique utilisée par Enterobase pour classer les génomes comme Shigella ou EIEC est détaillée ici. Shigella sonnei sont monophylétiques et étiquetés comme “S. sonnei”. Pour d’autres Shigella, les lignées sont étiquetées par l’espèce suivie par l’ID de l’instance HC400 (HierCC) (comme cette nomenclature a été montrée pour refléter la structure de lignée paraphylétique de Shigella). Les lignées EIEC sont marquées par ST (par exemple « EIEC ST99 »).

• AMR determinants: Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.