Salmonella (non-typhoidal)

Les données non-typhoïdes Salmonella dans AMRnet sont tirées de Enterobase, qui appelle les génotypes AMR en utilisant le AMRFinderPlus, assigne les lignes en utilisant MLST, cgMLST et grappe hiérarchique, et assigne les sérotypes en utilisant SISTR. Le tableau de bord salmonella (non-typhoïdes) comprend tous les génomes classés comme subsp. enterica (basé sur le niveau de grappe hiérarchique 2850, HC2850=2), et excluant tous les génomes avec le sérotype prédit Typhi ou Paratyphi A/B/C. Dernière mise à jour : 5 août 2025.

Pour plus d’informations sur Salmonella Typhi, veuillez consulter le tableau de bord Typhi. L’inclusion de Paratyphi A est prévue pour 2026.

Avertissement

Les données non-typhoïdes Salmonella utilisées dans AMRnet ne sont pas encore conservées à des fins d’échantillonnage, et donc reflètent les préjugés des efforts de séquençage global qui peuvent être orientés vers le séquençage des souches et/ou des épidémies. Les efforts de conservation des données sont cependant en cours jusqu’à ce moment-là, soyez prudent lorsque vous interprétez les données dans le tableau de bord.

Définitions de variables

• Lineages - Les lignes sont étiquetées par le type de séquence de 7 locus (ST).

• AMR determinants: - Enterobase identifies AMR determinants using NCBI’s AMRFinderPlus run with default settings. AMRnet imports these AMR genotype calls, and assigns them to drugs/classes in the dashboard using the Subclass curated in refgenes, see the table.