Salmonella Typhi

Salmonella Les données Typhi dans AMRnet sont tirées à partir de Pathogenwatch, qui appelle les déterminants AMR et les génotypes GenoTyphi des assemblages de génomes. Les données de Salmonella Typhi en Pathogenwatch sont supervisées par le Global Typhoid Genomics Consortium, tel que décrit ici.

Les estimations de prévalence affichées sont calculées à l’aide de collections de génomes dérivées de cadres d’échantillonnage non ciblés (i.e. les études de surveillance et de chargement, par opposition aux études centrées sur la RMA ou aux enquêtes sur l’épidémie) avec l’année d’isolement et le pays d’origine connu. Dernière mise à jour : 5 août 2025.

Définitions de variables

  • Génotypes : Schéma GénéoTyphi, voir Dyson & Holt, 2021.

  • AMR determinants and technical details of how they are called are described in the Typhi Pathogenwatch paper and documentation.

  • Les cas associés au voyage sont attribués au pays de voyage, et non au pays d’isolement, voir Ingle et al, 2019.

Abréviations

  • MDR : multi-résistante (résistant à l’ampicilline, au chloramphénicol et au triméthoprim-sulfamethoxazole)

  • XDR : grande résistance aux médicaments (MDR plus résistance à la ciprofloxacine et au céftriaxone)

  • Ciprofloxacine NS : ciprofloxacin non sensible (MIC >=0,06 mg/L, en raison de la présence d’un ou de plusieurs gènes qnr ou mutations dans gyrA/parC/gyrB)

  • Ciprofloxacine R : Résistance à la ciprofloxacine (MIC >=0,5 mg/L, en raison de la présence de mutations et/ou de gènes multiples)