Klebsiella pneumoniae

Les données de Klebsiella pneumoniae proviennent de Pathogenwatch, qui appelle AMR (à l’aide de Kleborate) et génotypes (MLST) à partir de génomes assemblés à partir de données publiques. Dernière mise à jour : 5 août 2025.

Avertissement

Les données Klebsiella pneumoniae utilisées dans AMRnet ne sont pas encore conservées à des fins d’échantillonnage, et donc reflètent les préjugés des efforts de séquençage global qui ont été largement orientés vers le séquençage des souches ESBL et des souches hypervirulentes. Les efforts de conservation des données sont cependant en cours jusqu’à ce moment-là, soyez prudent lorsque vous interprétez les données dans le tableau de bord.

Définitions de variables

• Génotypes

  • ST: type de séquence, défini par le 7 locus MLST scheme pour le complexe d’espèces Klebsiella pneumoniae

  • cgST: type de séquence de génome core, défini par le core genome MLST scheme, maintenu par Institut Pasteur

  • Sous-ligne : définie à partir du code MLST, tel que décrit ici

• Les déterminants AMR sont appelés en utilisant Kleborate v3, décrit ici. La résistance à la Ciprofloxacine est définie sur la base de la prédiction générée par Kleborate. Pour tous les autres médicaments, la résistance est définie par la présence d’un ou de plusieurs marqueurs dans la colonne de sortie Kleborate correspondante.

• Pansusceptible : aucun déterminants de résistance identifiés à part un allèle de type bêta-lactamase SHV associé à une résistance intrinsèque à l’ampicilline (i. . - pas une variante ESBL ou résistante aux inhibiteurs de SHV, voir Tsang et al 2024.

Abréviations

• ESBL : bêta-lactamase à spectre étendu

• ST : type de séquence

• cgST : type de séquence core-génome